在未来，南极的上空出现了被称为“通路”的蘑菇云般的时空通路，外星生物“迦姆”利用它发动了对地球的攻击。经过33年惨烈的战斗，人类终于将“迦姆”封印于道路的彼端——菲雅利星球。然后，随着迦姆的消失，人们开始渐渐淡忘了这件事，但战斗仍然在菲雅利星球继续着……
深井零少尉是菲尔利空军中(FAF)中SAF(战略情报特殊部队)第七中队的飞行员，当别人激战的时候，他的任务是驾驶着高性能配备了人工智能的侦察机“雪风”在高空静静的看着。零是一个沉默寡言不善于人交往的人，但对座机“雪风”却有着深深的感情。一天，战斗结束撤离战场时，他们发现了一架不明身份的飞机，外表看上去象地球军的战机，但深井还是在“雪风”的判断下将其击落，而他本人也受了伤，后座上的同伴弹射后也就此失踪。事后面对军事听证会，深井零只是说“雪风”认为它是迦姆那便是迦姆了。
高层无法认同这种判断方法，但同时种种迹象表明被击落的确实不是地球方面的战斗机。于是他们让深井暂时停飞。深井的好友兼上司，飞行指挥官杰克为让零高兴起来开了个小宴会，酒醉后的梦中，零看到自己站在一个牢笼外，里面关着一个有着美丽翅膀的妖精……
零重新开始执行飞行任务，他们再次发现了看似地球战机的迦姆便追了上去，但这次落入迦姆的圈套，还差点被迦姆有着巨大爆炸力的导弹干掉。最后千钧一发之际，“雪风”接过飞机控制权，以难以想象的机动动作干掉了敌方导弹。回到基地后，由于担心零，同时也为了不让“雪风”落在迦姆手上，杰克要求以无人战机代替“雪风”，但遭到零的反对，在吵架后零不快离去。
为了查明真相，零与伙伴私自驾驶“雪风”出去，但后来被击落，并与基地中断了联系……得知此事杰克陷入焦急不安中，几乎快失去作为指挥官应有的冷静，还冒着上军事法庭的危险，带同新开发的无人战机FRX一起出发展开搜索。
零苏醒过来时发现自己在一个地球军的前哨基地中，一个漂亮的女护士对他呵护备至。而基地里的男性军人则表示他们将全力帮助零修好受损的“雪风”，并旁敲侧击的向他询问“雪风”安全系统的密码。关键时刻零突然醒悟过来自己落进了圈套，眼前的景象也改变了，男人、护士、整个基地甚至整个世界都开始崩溃……零驾着雪风在最后关头冲出了幻境般的世界。但危险还没有过去，迦姆伪装的人类战机还是将雪风击落了。最后关头，无人战机将敌机干掉，而“雪风”将自己的系统复制到了无人战机上，然后在屏幕上 打出“深井中尉，祝你好运”的字样。深井在惊诧的发现“雪风”真的拥有独立意识的同时，被雪风弹射出驾驶舱。就在他落地后挣扎着想从降落伞中脱离的时候，无人机将雪风残破的机体炸了个粉碎……（组织社区Neece ）