石川纸家代代生活在新泻县山古志村。如今当家的石川优一是一名公务员，他和年幼的儿子亮太、女儿彩以及顽固的父亲优造一起生活。妻子幸子早已亡故，幸子的妹妹冴子不时会来石川家看看，为大家做饭。
亮太和彩在外面玩的时候发现了一只被人丢弃的小狗，小狗非常惹人喜爱，让孩子们爱不释手。不过，他们知道爸爸一向很讨厌狗，肯定不会同意收留它。两人只好在回家的路上挨户询问找人收养，却没能找到愿意收养它的人。彩不忍心把小狗丢掉，把它带回了家：“它才那么小，没有爸爸也没有妈妈，太可怜了。”亮太拉来爷爷帮忙说话，优一答应了兄妹俩的恳求，石川家从此增添了一个新成员。
小狗被起名为玛丽。它很快就成了兄妹俩的好朋友。不久后，玛丽长大了，生了三只小狗。亮太、彩、玛丽和它的孩子们一起在山里奔跑，非常快乐。然而突如其来的天灾打碎了这小小的幸福。这天下午，优一出差去了外地，亮太参加学校的课外教学也不在村里，新泻县中越地区突然发生6.8级的大地震。彩和优造被压在了房梁下面。紧紧抱着彩的优造在朦胧中听到了一个熟悉的声音，原来是玛丽！玛丽把小狗安顿在狗屋里，自己又挖又刨弄得一身是伤，才找到了被困两人。玛丽力气太小，没法把爷爷和彩拉出来，只好不断地舔着他们的脸以示安慰和鼓励。
山崩切断了山古志村与外界的陆路交通，自卫队坐着直升飞机赶来救援。玛丽把队员安田引到了石川家，彩和优造终于得救。然而出于人命优先的原则，玛丽没能和他们一起坐上直升机离开灾区。
玛丽被留在了空无一人的村里，它努力觅食，保护自己的孩子们。与此同时，身在长冈避难所的彩和亮太也十分惦记玛丽。听说台风正在接近山古志村，兄妹俩再也坐不住了，他们决心自己去把玛丽救出来。
最终，玛丽和它的孩子们能否生还？石川一家能否再度团圆呢？