2.01 "The Siege, Part 3" 包围（下）Daedalus带来ZPM启动Atlantis的护盾抵御Wraith的进攻，但他们发现实在不够抵抗如此多的舰队。紧急关头他们利用一个核爆诡计领Wraith相信城市已经被毁灭。Atlantis在未来一段时间将获得安全。2.02 "The Intruder" 入侵者当探险队计划回到地球时发现Daedalus感染了一种Wraith电脑病毒，该病毒把Daedalus引向Wraith领地并发送地球的坐标。McKay要清除船上电脑内存并重启以消除病毒，同时Sheppard带领小队夺取被感染的F302以彻底消灭残留病毒。2.03 "Runner" 逃亡者Sheppard小队试图寻找Ford中尉，他们去到一个星球发现Ford正以杀死Wraith夺取酶为生。同时他们发现一个被Wraith追逐的人Ronon Dex。Beckett医生帮他解除了Wraith追踪器，他们发现他的星球已经被毁灭，他无家可归了。另一方面Ford不肯回到Atlantis而依靠Dart的光束逃走。2.04 "Duet" 二重奏Cadman和McKay被吸入Dart的内存里，当Zelenka把其中一个释放出来时发现是McKay的身体但却是Cadman的意识，然后好不容易才解决了这个问题。与此同时Sheppard开始帮助Ronon适应Atlantis的生活。2.05 "Condemned" 责难Atlantis发现一个星球Olesia和Wraith有着安稳的关系，原来他们提供一群“有罪的人”在岛上给Wraith喂食以换取和平。Jumper在回城途中被岛中居民俘虏并驱使他们打开星门以逃离这个星球。最后众人平安回到Atlantis，而和Wraith交易的Olesia高官Marin看见一部Cruiser正缓慢朝他飞来。2.06 "Trinity" 三位一体Atlantis造访了一个和古人有着良好关系的行星Doranda并发现一个古人前哨站，McKay说服Weir让他们回去研究这种武器装置。另一边，Ronon和Teyla去Belka行星做农作物贸易，Ronon发现他并不是唯一被Wraith追逐的人，同时他杀死了一个仇人。McKay的研究过了火，武器不受控制地发射而毁灭了星球所在子星系，他们依靠Daedalus逃回了Atlantis。2.07 "Instinct" 本性探险小队发现一名Wraith小孩Ellia被一个人类所抚养还藏在一个小村庄中。Beckett医生打算利用这次机会测试Wraith逆转录酶病毒的效果。村庄的人想杀死Ellia，而居然发现原来该人类自愿给她吸食。她尽管偷服了一瓶逆转录酶病毒样本，但仍脱离不了Wraith的本性。最后Ellia逃离了村庄但最终被Ronon击倒。2.08 "Conversion" 转化Sheppard由于被Ellia咬了一口，身体渐渐往Wraith方向转化，Caldwell暂时代替他的职务。科学家们认为只有用iratus虫子为本源制造的药物才有可能使Sheppard复原，Beckett组织小队前往iratus的星球取所需材料但无功而返。最后Sheppard在使用抑制剂的情况下自己独闯虫洞取得所需，从而治好了自己。2.09 "Aurora" 欧若拉小队发现一艘古人的大舰Aurora漂泊在星系的边缘，而船员全部生存处于冬眠状态。Sheppard加入了他们的虚拟世界和他们交流以学习打败Wraith的方法，却发现他们对自己的情况一无所知。同时Teyla发现一个Wraith也混入其中。该名Wraith吸引了两艘巡洋舰前来，紧急关头McKay进入虚拟世界和Sheppard识破该Wraith，当他们回到Atlantis后，该古人飞船自毁同时消灭了两艘巡洋舰。2.10 "The Lost Boys" 不知所终小队被Ford俘虏，他现在正带领着一群同样服用酶的人对抗Wraith，还建议小队服用酶以获得更强的能力。他们要McKay修好Dart，然后留下他，而拉上Sheppard一行去一艘Hive执行死亡任务。但很不幸被Wraith捕获了。2.11 "The Hive" 母巢Sheppard和Ford一行被Wraith困在Hive里寻求逃脱办法，而McKay冒险使用酶从而得以回到Atlantis。在一次逃离行动中他们救了一个人类女子Neera，想不到竟是崇拜Wraith一族，为了刺探情报而已。正好这时出现了第二艘Hive，Sheppard利用离间计使两艘Hive互相攻击而毁灭，而Ford再次逃离。2.12 "Epiphany" 启迪小队在一个星球发现古人遗迹的一个怪洞，洞由一种能化结界隔离，里面的时间比外界快约250倍。Sheppard被困在里面，其他人回到Atlantis，McKay推测有个ZPM存在。原来里面是一个村，村民们都是准备升天的人类。Sheppard其实就是帮助他们升天的人，他帮他们击败了心中的畏惧――无形的怪兽后他们全都升天而去。2.13 "Critical Mass" 混乱危机Atlantis被告知被Turst放置了一个炸弹，原来Goa'uld已经有一个奸细插入了Atlantis中。Weir等人对此展开调查，甚至动用非常手段。最后才发现被Goa'uld侵入的是Caldwell。在紧急关头他们关闭了被超载的ZPM，避免了被Wraith船只发现。与此同时Teyla视为祖母的Athosian人Charin去世，Teyla用歌声为她举行了葬礼。2.14 "Grace Under Pressure" 幻觉之美McKay和Daedalus上的成员Griffin试飞一部修复的Jumper，美想到出了故障掉下深海，Griffin为此牺牲，McKay困在后舱。他在心理压力越来越大的情况下出现幻觉――Carter出现了并且和他一起寻求解决方法，渡过难关，最终等到了求援。2.15 "The Tower" 塔小队发现一个行星上有一座类似Atlantis城的古人装置，并被一群人占据着统治其他居民。他们前去调查果然发现了不少古人的东西，还有武器。Sheppard莫名其妙成为了争夺国王宝座的继承人，McKay用尽了ZPM的能量阻止了一场大祸，不过他们补充了不少Drone和Jumper。2.16 "The Long Goodbye" 长久的再见小队发现两具人体舱，里面分别有一个外星人。他们不慎激活了装置，两个外星人的意识侵入了Weir和Sheppard，开始了他们相互的战争。幸好这种占据是有期限的。在未发生重大变故前Weir两人恢复了自己的意识。2.17 "Coup D'etat" 政变Atlantis又和Genii较上了劲，这次还掺入Genii的政变中。Genii使诡计骗取Atlantis的Jumper来对付Wraith，但其最高指挥官自食其果，被自己研制的核弹所毁灭。Genii从此步入新的时代。2.18 "Michael" 失忆的中尉一名失忆的年轻中尉Michael经常被恶梦所困扰。终于他发现自己并不是人类，而是被Beckett医生发明的药物从Wraith转变而来。他用尽办法逃走了，并扬言要报告Atlantis未消失的消息给所有Wraith知道。2.19 "Inferno" 地狱小队发现一个文明在研究古人的装置，却发现这个装置下面是一座即将爆发的大型火山。同时，他们也发现了一艘古人大舰Orion。最后在Daedalus等帮助下众